功能性下丘脑性闭经的诊断过程正是寻找闭经原因的过程，确定闭经发生在哪一个环节，诊断应注意以下内容：
询问病史
主要询问月经史、初潮年龄、月经周期等，判断原发闭经还是继发闭经，这对分析闭经原因非常重要；还要了解有无先天性缺陷或其他疾病情况、用药史以及对药物治疗的反应等；询问发病前有否任何导致闭经的诱因如精神因素，环境改变或其他疾病等。
身体检查
应注意全身情况，发育是否正常，有无畸形；身高体重是否在正常范围，四肢、躯干的比例；智力、营养和健康状况；检查第2性征的发育情况如乳房发育、毛发分布、有无乳汁分泌等；妇科检查应注意内外生殖器的发育，有无缺陷、畸形及肿瘤等。
卵巢功能检查
雌激素使宫颈粘液淡薄，拉丝度长，并出现羊齿状结晶，羊齿状结晶越明显、越粗，提示雌激素作用越显着。若涂片上见成排的椭圆体，提示在雌激素作用的基础上，已受孕激素影响；
作雌二醇、孕酮及睾酮的放射免疫测定：若雌、孕激素浓度低，提示卵巢功能不正常或衰竭。
若睾酮值高，提示有多囊卵巢综合征、卵巢男性化肿瘤或睾丸女性化等疾病可能。
子宫碘油造影
通过子宫颈管向子宫腔内注入由高原子序数构成的高比重物质碘剂，在X线摄片下与周围组织形成明显的人工对比，使管腔显影，从而了解子宫及输卵管腔道内情况。
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