尖锐湿疣的诊断主要根据病史、典型表现和实验室检查结果，同时需要与以下疾病进行鉴别诊断。
1、阴茎癌
多发于阴茎头、冠状沟等部位，瘤体边界不清，多有明显的浸润，早期可见类丘疹、疣状红斑，部分可形成溃疡，病理组织学检查有助于鉴别诊断。
2、扁平湿疣
为二期梅毒特征性皮疹，多发生在肛门生殖器部位，疣体多成群分布，呈红褐色蕈样，表面扁平，基底宽，常伴有糜烂和渗出。活组织病理检查可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应为阳性。
3、假性湿疣
又称女性绒毛状小阴唇，常发生在女性的小阴唇内侧和阴道前庭，丘疹颜色为白色或淡红色，呈鱼卵状排列，表面光滑，患者多无自觉症状。醋酸白试验阴性。
4、阴茎珍珠状丘疹
常见于青壮年男性的鬼头冠状沟边缘，丘疹呈细小圆锥状，颜色为白色或淡红色，呈单行或多行排列，多不融合，患者多无自觉症状。醋酸白试验阴性。
5、生殖器鲍温样丘疹病
本病较少见，多与人类乳头瘤病毒（主要为HPV-16亚型）感染有关，皮疹好发于生殖器部位，颜色为红棕色，组织病理学类似鲍温病的改变，应注意鉴别。
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