临床诊断尖锐湿疣时，需要与以下疾病相鉴别：
①鲍温病：可以发生于阴茎或外阴，表现为扁平角化过度的白色丘疹或斑块，周围红斑，可破溃，进行组织病理检查可与尖锐湿疣鉴别。其表现为角化不全，棘层肥厚，有异形角质形成细胞，角化不全细胞及核分裂相，真皮有致密的炎性细胞浸润。
②鲍温样丘疹病：男性易发生在阴茎海绵体或龟头、阴囊，女性常发生在外阴、会阴，表现为淡褐色或深褐色，或者(黏膜)肤色的扁平丘疹，直径3～7毫米。组织病理检查示原位癌的表现，可见角化过度、角化不全、牛皮癣样表皮增生，局灶性颗粒层增厚，表皮上半部有丝分裂增加，可见到坏死及大的多核或核浓缩的角质形成细胞。鲍温样丘疹病与人乳乳头瘤病毒16型感染相关。其临床经过表现为良性。
③扁平湿疣：属于二期梅毒疹，表现为扁平、湿润的(黏膜)肤色或淡褐色丘疹，表面光滑，成簇分布，可以融合成斑块，并可有溃疡，暗视野检查梅毒螺旋体阳性，梅毒血清反应强阳性，由此可与尖锐湿疣鉴别。
④男性阴茎珍珠状丘疹：阴茎珍珠状丘疹常发生在青春期后，以20～40岁为主，有10%～24%的正常男性阴茎有此现象，表现为圆锥形或球形的丘疹，皮色可为半透明，直径1～2毫米，带有光泽，呈数行或单行环状排列在冠状沟，无自觉症状，病程长短不一，可长期不消退。进行组织病理检查，是由致密结缔组织包绕的一团丰富的血管网，外周淋巴细胞浸润。早期或经过治疗的尖锐湿疣的疣体有时容易与阴茎珍珠状丘疹相混淆，但是阴茎珍珠状丘疹排列规则，丘疹不相融合，随着病程的延长基本不长大。而尖锐湿疣的丘疹散在分布不规则，随着病程延长可长大，并互相融合。
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