与其他人工流产方式相比，药物流产可以避免手术流产的疼痛，避免子宫穿孔、宫颈损伤等并发症，还能达到有孕止孕，无孕催经的效果。但药物流产也有一定的危害，主要包括以下方面：
1、流产不全
药物流产的原理是应用药物使受精卵无法发育，然后坏死、脱落，从而达到终止妊娠的目的。如果患者在药物流产后8天未见胎囊排出，经B超检查证实子宫内仍有残留组织，此时则需到医院行清宫术，对于女性来说相当于两次流产，伤害较大。
2、失血过多
药物流产后子宫中的蜕膜一般需2周左右的时间才能慢慢排净，阴道流血停止。如患者阴道出血时间过长而未及时进行清宫术，可导致大出血而危及生命。同时，女性还应注意勿自行服药流产，否则也可能出现大出血。
3、扰乱内分泌
妊娠期女性由于身体各个系统的内分泌水平和普通女性不一样，进行药物流产可扰乱女性内分泌激素的水平，而激素变化对人体的伤害往往是难以察觉的。
4、导致月经不调
流产的药物可以抑制卵巢的功能，影响卵泡的发育及排卵，因此一些女性在行药物流产后会出现月经不调的表现。
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