再生障碍性贫血患者由于全血细胞减少，对于病原菌的抵抗力降低，存在细菌和真菌感染的风险，这种风险的大小取决于中性粒细胞和单核细胞计数及个体差异。
重型再生障碍性贫血患者因为中性粒细胞减少时间持续较长，故曲霉菌感染可能导致较高的死亡率。
再生障碍性贫血患者外周血中性粒细胞数量减少（＜0.5×109/L）的需医院内环境隔离，并预防性应用抗生素和抗真菌药物。为了预防革兰阴性菌败血症，可联合两种不易吸收的抗生素（如新霉素和黏菌素），或一种喹诺酮类药物如左氧氟沙星，但需警惕治疗可能增加革兰氏阳性感染及难辨梭状芽孢杆菌的感染风险。由于喹诺酮类药物因会影响骨骼发育，不能用于小于18岁的患者。
再生障碍性贫血患者真菌感染尤其是曲霉菌感染的风险很高，可选用伊曲康唑和泊沙康唑。对未治疗的再生障碍性贫血患者，无需常规进行预防性卡氏肺囊虫或抗病毒治疗。
对所有移植后患者及抗胸腺细胞球蛋白免疫抑制治疗结束3～4周内的患者，需应用阿昔洛韦预防性抗病毒治疗。
特别提示，再生障碍性贫血并发感染常会导致致命风险，患者出现感染征兆后应立即就诊，在医生指导下合理应用各种抗菌药物，预防或治疗感染。
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