原发性闭经是指女性年满18岁或第二性征发育成熟2年以上仍无月经来潮，临床较少见，多由于遗传学原因或先天发育缺陷引起。导致原发性闭经的原因有：
全身疾病
全身消耗性疾病可导致原发性闭经，如重度肺结核、严重贫血、营养不良等;内分泌疾病，如肥胖生殖无能性营养不良症以及肾上腺、甲状腺、胰腺等功能紊乱。
全身疾病引起的原发性闭经，治好原发病月经也就自然来潮。
生殖道闭锁
如子宫颈、阴道、处女膜、阴唇等处，有一段先天性闭锁，或后天损伤造成粘连闭锁，虽然有月经，但经血不能外流，这种情况称为隐性或假性闭经。
生殖器官发育不完善
部分患者先天性无卵巢，或卵巢发育不良，或卵巢损坏，不能产生雌激素和孕激素，因此子宫内膜不能发生周期性的变化，不会出现子宫内膜脱落，没有月经来潮。
还有部分患者先天性无子宫，或子宫内膜发育不良，或子宫内膜损伤，即使卵巢功能健全，雌激素和孕激素的分泌正常，也不会来月经。
脑垂体和下丘脑功能不正常
脑垂体和下丘脑功能不正常等也会造成闭经。引起下丘脑功能失调的原因很多，如精神刺激、悲伤忧虑、恐惧不安、紧张劳累，以及环境改变、寒冷刺激等。由下丘脑引起的闭经比较多见。
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