阴茎外观短小的人绝大多数都伴有包皮过长或包茎，隐匿阴茎就是其中一种情况。隐匿阴茎指原本正常的阴茎被埋藏于皮下，外观阴茎短小，包皮似一鸟嘴包住阴茎，是阴茎肉膜发育异常导致的先天性外生殖器的畸形，大多合并有包茎，也可伴有尿道下裂等畸形，本病临床并不少见，据流行病学调查发现隐匿阴茎在青少年阴茎畸形中的发病率为0.68﹪，仅次于包茎和包皮过长。
引起隐匿阴茎的原因较多，新生儿和小儿的隐匿阴茎多由与阴茎肉膜发育异常所致，而年长儿童和青少年则是由于会阴皮下脂肪堆积过多引起的。
肉膜发育异常
目前多数学者认为阴茎包皮肉膜层发育异常是主要原因，因为阴茎皮肤没有正常附着于深层筋膜，而是呈松弛状态，致使阴茎隐匿与皮肤中，此外肉膜筋膜发育不良，失去弹性，进而会限制阴茎的伸展，可能也是引起本病的原因之一，这种情况被称为先天性埋藏阴茎。
包皮束缚
若施行常规的包皮环切术后并发包皮口狭窄，致使包皮外板过短，也可形成隐匿阴茎，特称为后天性束缚性阴茎。
肥胖
肥胖青少年的下腹部脂肪堆积，使阴茎深藏于皮下也属于隐匿阴茎，但其在发育成熟、脂肪组织减少后，阴茎可恢复正常状态，这被称为伴有肥胖的隐匿阴茎，当然部分此类患者可有其他病因同时存在。
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