下丘脑性闭经是由于下丘脑分泌促性腺释放激素减少或发生紊乱导致的闭经，很多疾病可以直接或间接影响下丘脑的功能，引起闭经，具体如下：
颅内病变
以下颅内病变均可导致下丘脑功能紊乱而致闭经。
1.肿瘤，如泌乳素瘤、颅咽管瘤、松果体瘤、丘脑肿瘤、第三脑室肿瘤等;
2.炎症，如急性软脑膜炎和慢性肉芽肿性损害--结核性脑膜炎;
3.血管性损害，如出血、梗死、缺血、毛细血管增生及脂肪栓塞等;
4.其他，如创伤、变性、血卟啉病，Wernicke综合征、结节病、黄色瘤及组织细胞病等。
慢性消耗性疾病
如慢性肝、肾疾病、结核病、严重贫血以及胃肠功能紊乱等引起的营养不良，都可通过下丘脑影响垂体前叶功能及子宫内膜对性激素的敏感性。
又因营养缺乏，可影响垂体前叶对促性腺激素的合成与分泌而致闭经。
闭经泌乳综合征
由于下丘脑泌乳素释放抑制因子分泌减少，致垂体泌乳素分泌增多，产生泌乳。因泌乳素能竞争性地抑制卵巢促性腺激素受体，从而导致闭经，形成闭经-溢乳综合征。
肥胖生殖无能性营养不良症
由于下丘脑及其周围组织的病变使下丘脑-垂体之间的神经体液联系失常，表现有肥胖、闭经、生殖器官及第二性征发育不全，尿崩症以及智力发育不全或减退等现象。
其他内分泌疾病
如甲状腺功能减退或亢进、肾上腺皮质功能减退或亢进及糖尿病等，都能通过下丘脑影响垂体促性腺激素的分泌而致闭经。肾上腺性变态综合征中雄激素增多引起闭经。
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