下丘脑-垂体-卵巢轴功能失调是继发性闭经的常见原因，下丘脑-垂体-卵巢轴的任何环节功能失调将会导致各种激素的分泌及相互调节异常，抑制垂体及卵巢雌、孕激素的形成，导致内分泌紊乱，引发闭经。
引起下丘脑-垂体-卵巢轴功能失调的原因有：
精神因素
精神紧张、恐惧忧虑、生活环境改变等都可引起中枢神经系统与下丘脑功能失调，特别是青年女性，卵巢功能尚健全者，更易出现闭经。这类闭经一般不需要治疗，通过心理疏导能自然恢复。
营养不良
全身消耗性疾病如胃肠功能紊乱、重度结核及严重贫血等都可影响下丘脑及垂体激素的合成和分泌，导致闭经;精神性厌食症是一种精神因素引起的下丘脑功能紊乱，而致严重营养不良，体重骤减，垂体功能低下，导致下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常，继发性闭经
药物因素
少数女性在停服口服避孕药或长效避孕针后出现闭经，这是由于避孕药对下丘脑-垂体-卵巢轴发生持续抑制作用，引起过度抑制综合征;原有月经失调或排卵稀少的女性，或在流产或足月产后过早服用避孕药者容易发生闭经;镇静剂在正常剂量范围内也可影响丘脑下部的功能而引起闭经，一般停药后能自然恢复月经。
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