过敏性紫癜肾炎临床表现除有皮肤紫癜、关节肿痛、腹痛、便血外，主要为血尿和蛋白尿，多发生于皮肤紫癜后一个月内，有的或可以同时并见皮肤紫癜、腹痛，有的仅是无症状性的尿异常，应注意与IgA肾病鉴别，IgA肾病以反复肉眼血尿为主，少有皮疹、关节痛及腹部表现以成年多见，病理检查多见IgA、IgG、IgM沉积，经典补体激活途经C4/C1q沉积比例明显增高。
过敏性紫癜肾炎单根据肾脏病理与免疫病理的改变难以与IgA肾病相区别。过敏性紫癜肾炎肾脏受累的临床、病理过程与IgA肾病很相似，IgA肾病以肾脏单独受累为主，过敏性紫癜肾炎除肾脏受累外还有全身系统受损。
遗传学研究发现，过敏性紫癜肾炎与IgA肾病发生于同一家族中，纯合子无效C4遗传表型频率均增高，都表现为产生IgA的免疫调节异常，如IgA及大分子IgA增高，患者扁桃体淋巴组织中产生IgA浆细胞/IgG浆细胞比值均上升。
过敏性紫癜肾炎属于系统性血管炎，也是一种继发性IgA肾病，其在病理上与IgA肾病都以系膜病变为主，都伴有新月体形成和肾小球硬化，特别是IgA肾病患者表现为反复发作性肉眼血尿者，无论其在临床表现还是基因背景上，都较其他临床类型IgA肾病与过敏性紫癜肾炎有更多相似之处。
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