尖锐湿疣的治疗方法很多，每种方法都有其适应证和禁忌证，有其优势和劣势，因而在实际中应根据患者病情及其他一般情况选择适宜的治疗方法。
1、对于仅发生在男、女两性外生殖器部位、肉眼可见的、直径小于5毫米的单个疣体、直径小于10毫米的疣体团块、疣体总数少于15个的患者，一般通过外用药物治疗即可。
2、尿道内和肛周发生尖锐湿疣的男性，阴道前庭、尿道口、阴道壁和宫颈口有肉眼可见疣体的女性，或疣体大小即数量超过第一条标准的两性患者，建议用激光、冷冻、电灼、微波等物理方法治疗。物理治疗后残余的疣体可通过外用药物治疗。
3、无论是外用药物治疗还是各种物理治疗，治疗后都必须做醋酸白试验，尽量清除包括亚临床感染、潜伏感染在内的损害，降低复发的几率。
4、妊娠期女性是个特殊的人群，该人群患尖锐湿疣需要谨慎治疗。
首先要明确，尖锐湿疣不适终止妊娠的指征，其次治疗孕妇尖锐湿疣要谨慎选择治疗方法。足叶草毒素、足叶草酯、5-氟尿嘧啶等药物有致畸作用，孕妇禁用;咪喹莫特对孕妇的安全性尚未明确，非必要情况也不建议使用。孕妇可选用50%三氯醋酸溶液外用及激光、冷冻等物理治疗或外科手术治疗。对于妊娠后期仍有疣体残留、疣体较大堵塞产道者应考虑剖宫产。
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