甲亢患者的药物治疗常需要较长疗程，在用药上常存在一些误区，如用药一成不变、药量偏小、时断时续、疗程不足、多多益善等，如果不能及时纠正这些误区，可能导致药物治疗效果不佳。
常用的口服抗甲状腺药物一般分为治疗阶段、减量阶段和维持阶段，每个治疗阶段使用的药物剂量和时间长短都不一样。如果一成不变地一直按照治疗剂量用药，容易导致服药过量，造成药物性甲减
部分甲亢患者认为抗甲状腺药物有一定毒副作用，小剂量服药相对比较安全，因此盲目减量。其实这种做法可能会导致治疗无效而延误病情，并可能导致患者产生耐药性。
药物发挥疗效主要依靠其在血液中的有效血药浓度，如果时断时续地服药可能导致血药浓度波动，不能维持有效浓度，因而导致疗效不稳定。
甲亢患者药物治疗需要一定的时间，一般需要一、两年，如果病情反复者，服药时间还需延长。
有些甲亢患者通过服药治疗后症状消失，或是检查甲状腺功能正常就自行停药，导致疗效不足，病情复发，加大治疗难度。
治疗甲亢的中药和西药都有一定的适应证，误以为药物越多疗效越好、疗程越短，可能导致治疗药物配合不当，引起毒副作用。
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