脑萎缩的诊断除详细的询问患者的病史及观察临床症状外，还可发现多种神经反射的迟钝或减低。大脑萎缩的患者可表现为胸腹壁反射、提睾反射、肛门反射等浅反射的迟钝，还可表现为二三头肌反射、尺骨膜反射、膝腱反射、跟腱反射等深反射的减弱或降低，部分患者还可引出阳性的病理反射。小脑萎缩的患者，体格检查可发现有不能并脚站立、下肢颤抖、行动缓慢、步态蹒跚、步幅宽大、不能走直线等症状，另外还可引出伯氏征、指鼻试验、跟膝试验、划圈试验等阳性病理反射。
为进一步确诊脑萎缩的诊断，临床多进行CT、MRI等影像学检查，当出现脑组织体积减少、脑室扩大的结果时，多提示脑萎缩的存在。当影像学显示脑皮质与颅骨板间隙增大，大脑沟增宽、增深，脑回变平缩小，侧脑室及第三脑室扩大，侧脑室前后角周围密度减低，则可诊断为大脑萎缩。当影像学显示小脑纹理粗重，体积缩小，呈分枝树叶状，小脑周围腔隙低密度增大，第四脑室扩大，则可诊断为小脑萎缩。当影像学显示脑干变细狭窄，周围腔隙加宽，橄榄体变偏平或缩小，多提示有桥脑橄榄体萎缩的存在。
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