雷公藤有显著的抗炎、镇痛、免疫抑制等作用，对治疗类风湿关节炎具有一定疗效，但亦有不良反应。雷公藤的毒副作用大小与用药剂量有关，通常用药量越大，毒副作用就越明显。
1、消化系统不良反应：雷公藤导致消化系统不良反应发生频率最高，在正常剂量范围内就可发生。主要表现为厌食、恶心、呕吐、腹胀、腹泻等症状，有时可出现消化道出血。饭后服药或同时服用保护胃黏膜的药物，可减轻这些症状。
2、皮肤黏膜不良反应：雷公藤引起皮肤黏膜不良反应较多，表现为皮肤瘙痒、发红、糜烂、溃疡、水肿、斑丘疹、荨麻疹、药疹、结节性红斑、口腔黏膜疱疹、色素沉着、脱发、变应性血管炎等。一般停药后即可消失，情况严重者应行抗过敏治疗和对症处理。
3、血液系统不良反应：雷公藤对骨髓有抑制作用，可引起白细胞减少、红细胞减少、血小板减少及全血细胞减少。对发生不良反应者，应定期检测血细胞变化，及时停药或调整药物剂量和疗程，并积极改善骨髓功能和对症治疗。
4、生殖系统不良反应：雷公藤能对生殖系统造成严重影响，尤其是年轻女性，可严重损害生殖系统功能，抑制雌激素和孕激素的分泌，引起月经紊乱，甚至闭经。同时雷公藤可以使男性精子生成受阻，影响精子发育，导致不育，故未生育的患者应慎用。
5、心血管不良反应：主要表现为心慌、胸闷、气短、心律失常及心电图改变。发生异常时及时停药，积极对症处理，并定期监测心电图。
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