附睾炎是一种常见的男性生殖系统疾病，其危害主要表现在3个方面。
降低精子的活动能力
附睾被病原体感染后，有的病原体可直接对附睾管内的精子造成损害，如大肠杆菌，可抑制精子的活动度使精子发生凝集，以降低其活动能力；有的病原体吸附在精子表面，如支原体、衣原体，使其活动力降低甚至丧失。
病原体产生的毒素也会毒杀生性脆弱的精子，使其死亡率大大增加。同时白细胞、巨细胞等机体卫士在消灭病原体时，也可能误杀或误伤精子。炎性反应产生的大量代谢产物，也会毒害精子，或改变精子的生存环境，使精子活动力下降、死精子增多，造成畸形精子率上升，精子数减少等。
堵截精子的行走通道
附睾炎如果是由淋球菌、结核杆菌、支原体、衣原体等病原体感染引起的，不仅会发生炎症反应而损害精子，而且极易引起附睾管腔缩小或堵塞，导致附睾尾部与输精管连接处不完全性或完全性梗阻。这是一种难以逆转的附睾炎后遗症，精子被堵截在附睾管内出不去，从而造成梗阻性少精症或无精子症。
形成抗精子抗体
附睾炎还是导致男子体内形成抗精子抗体的重要原因。
当附睾发生炎症时，身体的免疫系统就会立即行动，白细胞、淋巴细胞等免疫细胞和体液免疫物质进入发炎的附睾管内，对病原体进行清除，产生免疫细胞，同时免疫细胞对机体自身组织的识别能力明显下降，直接与精子表面或精浆中的抗原物质发生免疫反应，形成抗精子抗体。抗精子抗体形成后，混子精液中，使精子活动能力显着下降，或凝集成团，影响精子向前运动。同时抗体也可进入血液循环，对生殖器的功能产生更大范围的不良影响。若抗精子抗体产生的免疫反应作用于睾丸组织，则能形成特殊的破坏作用，使睾丸的生精功能发生异常，出现生精障碍性无精子症。
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