肾结石治疗应包括一般治疗，病因治疗，体外冲击波碎石，腔内取石，溶石治疗，外科手术治疗，中药治疗及食饵疗法等综合措施。患者应注意在发生肾绞痛时，多饮水可能加剧绞痛，但如配合针灸和解痉药物，则可帮助结石排出。
如结石小，患者健康状况良好，可采用体育活动，并可适用中西药物，以利结石自行排出。
肾结石患者肾绞痛时治疗主要包括解痛、补液，一旦发生肾绞痛应进行X线检查，以确定结石在尿路的位置、大小、大概成分进行以下处理。同时还应控制蛋白质饮食、限制钠的摄入、限制钙的摄入。
结石位在肾盂输尿管连接处或在输尿管近端，通过膀胱镜将导管送至输尿管上部，试将结石推入肾盂，随后用体外震波碎石治疗。
如果不能将结石推入肾盂，则试作引流减少结石以上部位压力，随后即在结石部位做震波碎石治疗。碎石治疗失败，则经皮穿刺作结石切除术。
另外，结石小于5毫米的肾结石患者不需作手术治疗，可经保守疗法观察，通常可自行通过排出。
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