闭经的原因在于子宫，月经调节功能、卵巢功能正常，但子宫内膜对卵巢不能产生正常的反应，故称子宫性闭经。正常月经周期的建立有赖于下丘脑-垂体-卵巢轴之间的神经内分泌调节，以及子宫内膜对性腺激素变化的周期反应，因此无论上述哪一个环节发生变化都可导致闭经，引起子宫性闭经的常见疾病有：
子宫内膜损伤或者粘连综合征
子宫内膜损伤或者粘连综合征常发生在人工流产后、产后出血或者流产后出血，刮宫以后多是由于刮宫过度，损伤了子宫，造成宫腔粘连，出现子宫性闭经。
子宫内膜炎
最常见的导致闭经的子宫内膜炎是结核性子宫内膜炎，患者整个宫腔常常发生水肿、渗出，急性期还会导致全身症状，出现发热、寒颤、白细胞增高，其他流产后或者产后严重的子宫内膜炎可发生闭经。
子宫发育不全或者缺如
由于肾管发育不全或者不发育而致子宫发育不全或不发育，患者往往表现为原发性闭经。
子宫切除后或者子宫腔内放射治疗后
因为生殖道疾病切除子宫后或这因某些子宫恶性肿瘤经腔内放射治疗，破坏子宫内膜，患者会出现子宫性闭经
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