三叉神经痛和舌咽神经痛极易相混淆，应找到两者的不同点以进行区分。
1.疼痛部位不同：三叉神经痛常始发于面部、口腔或下颌的某一点，以后逐步扩散至三叉神经的一支或多支。
如疼痛始于眶下神经时，则向下眼睑、鼻翼及上唇部扩散；舌咽神经痛常始发于咽壁、扁桃体窝、软腭及舌后1／3，并向耳部放射。
2.疼痛性质和发作时间不同：三叉神经痛的疼痛剧烈难忍，呈针刺样、电灼样或撕裂样。发作时间由数秒至1~2分钟不等，睡觉后停止；舌咽神经痛多表现为阵发性剧痛或痛性抽搐，呈刀割样、刺戳样。早晨及上午频发，睡眠时可有发作。
3.扳机点位置不同：三叉神经痛的扳机点位于上唇、鼻翼、口角、舌、眉毛等处；舌咽神经痛触痛点多位于扁桃体区、外耳道及舌根区。
4.诱发因素不同：三叉神经痛诱发因素有说话、吃饭、洗脸、刷牙、剃须等动作；舌咽神经痛可由吞咽、咀嚼、咳嗽、打喷嚏等动作诱发。
5.伴随症状不同：三叉神经痛发作时，患者出现皱眉咬牙、张口掩目的痛苦表情；舌咽神经痛发作时可伴有咽喉部异物感。
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