生殖器疱疹分为原发性生殖器疱疹及复发性生殖器疱疹，其临床特点存在一定差异，具体如下。
原发性生殖器疱疹的特点：潜伏期较短，2～7天，平均5天。男性多发于龟头、阴茎、尿道口、阴囊和大腿、臂部等处。生殖器疱疹感染的潜伏期后，上述部位即有烧灼感或刺痛，随即出现红斑伴群集瘙痒的小红丘疹，并迅速变成小水疱，多个成群水疱可变为脓疱，3～5天后小疱破溃，形成糜烂或溃疡，而后结痂痊愈，病程约15～25天。患者自觉瘙痒、灼热和轻度肿胀，溃疡处疼痛明显。发病前夕或发病时可有全身症状，如发热、头痛、不适、颈项强直感、或有排尿困难。
复发性生殖器疱疹的临床特点：症状约在原发性生殖器疱疹痊愈后1～4月复发，诱发因素为发热、性交、精神刺激、月经来潮等。其特点为：复发部位多在原处，全身症状一般较轻，病程亦较短，皮损约10天左右即消退，皮损一开始即为水疱或脓疱，1～2天后破溃、糜烂，皮损多为单侧分布。几乎所有原发性生殖器疱疹均可伴有淋巴结肿大、压痛，往往1～2个月后才缓慢消退。男性常并发淋巴管、淋巴结炎和精囊炎。严重者可合并脑膜炎、尿道炎、急性尿潴留和宫颈癌。本病不仅疾病本身反复发作，难以控制，且由此所造成的精神压力和性功能障碍也是极大的负担。
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