三叉神经痛与颞下颌关节紊乱综合征症状相似，且均好发于女性，因此需在诊断时认真鉴别，以避免误诊的发生。
疼痛部位
颞下颌关节紊乱综合征疼痛部位为颞颌关节及周围肌群。
三叉神经痛疼痛部位常右侧多于左侧，疼痛由面部、口腔或下颌的某一点开始扩散到三叉神经某一支或多支，以第二支、第三支发病最为常见，疼痛范围绝对不超越面部中线，亦不超过三叉神经分布区域，偶可见双侧三叉神经痛者。
疼痛性质
颞下颌关节紊乱综合征疼痛为阵发性的锐性疼痛，可于咀嚼或张口时诱发。三叉神经痛则是突发的刀割、针刺、撕裂、烧灼或电击样剧烈难忍的疼痛，说话、吃饭、洗脸、剃须、刷牙以及风吹等均可诱发疼痛发作。
自发性疼痛
颞下颌关节紊乱综合征患者一般无自发痛，但一些经久不愈、病程迁延的患者，可常有关节区发沉、酸胀、咀嚼肌容易疲劳，以及面颊、颞区、枕区等慢性疼痛和感觉异常。
三叉神经痛则常有自发性疼痛，且突然发生。
按压颞下颌关节部位时，颞下颌关节紊乱综合征患者的可以发现该部位痛觉过敏，三叉神经痛患者则无此类表现。
下颌运动障碍
颞下颌关节紊乱综合征常伴有关节弹响、张口时开口型偏斜、歪曲等症状，三叉神经痛患者则无此类表现。
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