目前生殖器疱疹的治疗可分为三类，分别是一般性治疗、抗病毒治疗及中医中药治疗。这些是对因治疗，中医中药治疗可有效地阻止复发。
生殖器疱疹一般疗法
①主要是保持局部清洁、干燥及疱壁完整，可每天用等渗生理盐水清洗，疼痛者可口服止痛药，给予精神安慰。②并发细菌感染者，可外用抗生素药膏。③局部疼痛明显者，可用5%盐酸利多卡因软膏涂抹或口服止痛药。④精神安慰，说明复发的原因和如何治疗及处理。⑤女性复发性生殖器疱疹须做妇科检查以除外子宫颈癌。
抗病毒治疗可选3类药
①无环鸟苷（阿昔洛韦片)--被认为是目前最有效的抗HSV药物。病情严重者可静脉给药，剂量为每千克体重5毫克，每8小时1次，共5-7天。一般病人可口服，每次200毫克，每天4-5次，共7-10天。严重者可静脉滴注，外用无环鸟苷软膏擦患处。
②三氮唑核苷。是一种鸟嘌呤核苷的类似物，有抗DNA和RNA病毒的作用，每天服800毫克，共10天，能减轻疼痛和缩短病程。
③免疫刺激剂。口服左旋咪唑有一定的疗效，但有报告效果不太肯定，体外发现干扰素对HSV有抑制作用，临床治疗作用尚在研究中。
中医中药配合治疗效果更好
中医认为，其病性早期属热证、实证，糁湿热、毒火阻滞肝脉；后期则伴有肝肾不足。治疗主要是根据癍状、体征，结合舌脉，一般将本病分为三型，即湿热下注、毒热蕴结、肾气不足，分别给予不同的治疗方法。
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