生殖器疱疹的病原体是单纯疱疹病毒(HSV)，是双链DNA病毒，属于人类疱疹病毒亚科，HSV病毒颗粒直径约150nm，单纯疱疹病毒分为两剥即HSV-l和HSV-2，HSV-l和HSV-2的基因组同源序列约50%。
人类是HSV的惟一宿主，HSV离开人体则不能生存，对热和干燥较敏感，在50℃湿热环境下或90℃干燥环境下30分钟即可灭活，一般消毒剂、紫外线、乙醚、乙醇、氯仿竽均可使之灭活，1925年，体外培育单纯疱疹病毒获得成功。
引起口唇、咽、眼及皮肤感染，约10%亦可引起生殖器感染；HSV-2是生殖器疱疹的主要病原体(90%)，主要通过性交传染，存在于皮肤和黏膜渗出液、精液、前列腺分泌液中，引起原发性生殖器疱疹。
HSV具有嗜感染神经而形成潜伏感染状态的特性，因此原发性生殖器疱疹消退后，残存的病毒经周围神经逆行沿神经轴索可长期潜存于骶神经节，进入潜伏感染状态。
当机体抵抗力降低或某些激发因素如受凉、发热、感染、创伤、月经、劳累等因素作用下，可使体内潜伏的病毒激活而复发。
在受到某些因素激惹，病毒复活，沿神经移行至皮肤黏膜，引起疾病复发。而抗疱疹病毒的药物只能阻止病毒复制，减轻症状，减少水疱和溃疡的发生，加快皮损愈合，减少排毒，缩短病程．但并不能完全将病毒从人体清除，故生殖器疱疹易反复发作。
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