尖锐湿疣的鉴别诊断十分重要，一旦有误诊对患一者造成很大的精神伤害。女性尖锐湿疣常需与皮脂脲异位症、生殖器癌、扁平湿疣、假性湿疣、生殖器鲍温样丘疹病、生殖器部位汗管瘤等鉴别。
(1)皮脂腺异位症：好发于青春期，皮疹多发于口腔粘膜、阴唇等，为多发性淡黄色小丘疹，直径1～2毫米，无特殊不适感。
(2)生殖器部位癌：边界不清，癌有明显的浸润，常形成溃疡，有时应进行病理组织学检查。
(3)扁平湿疣：为梅毒二期皮疹。扁平湿疣基底宽，无蒂，外观扁平，疣体表面潮湿、光滑。暗视野显微镜检查可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应为阳性。详见梅毒部分。
(4)假性湿疣：又称女性绒毛状小阴唇，发生于20～30岁女性外阴，特别是小阴唇内侧阴道前庭，为1～2毫米粘膜色或淡红色小丘疹，表面光滑如鱼子状，群集分布，无自觉症状。
(5)生殖器鲍温样丘疹病：本病较少见，主要与人类乳头瘤病毒16型感染有关。表现为生殖器部位多发性棕红色小丘疹，直径2~10毫米。临床上很像尖锐湿疣，但组织学上类似鲍温病的改变。该病是良性疾病，可持续多年，有一些病例皮损可自然消退。
(6)生殖器部位汗管瘤：好发于女性大阴唇内侧，数量为数个或数十个半球形丘疹，直径3～5毫米，可伴有瘙痒，很少自行消退。
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