生殖器疱疹可呈慢性经过，目前尚未有根治的良药。但是治疗是必要的。
(1)急性发作时可出现疼痛性的水疱、溃疡，部分患者甚至疼痛非常剧烈，尤其伴有HIV感染的患者及其他原因导致免疫力下降的人群，疱疹发病时往往面积很大，疼痛剧烈，因此，急性期的抗病毒治疗，能减轻患者痛苦，是非常必要的。
(2)对于频繁反复发作的患者，则给予病毒抑制疗法治疗后，明显减少病情的复发，减少无症状排毒，减少性伴的感染。
(3)复发性生殖器疱疹所致的小溃疡是感染HIV及其他性病的重要危险因素，治疗后减少其复发次数及出现溃疡机会，可以明显减少感染其他疾病机会。
(4)复发性生殖器疱疹患者往往精神压力很大，工作和生活都受到影响，药物治疗可以减少其复发者的精神压力，从一定程度上缓解患者焦虑的心情。
总之，本病通过治疗，一是减轻痛苦，避免病情进一步发展为播散性感染或出现其他的并发症等；二是减少复复发，提高患者的生活质量；三是防止其他性病感染，四是减轻精神压力。现在有些医院称可以免庐拾全根治生殖器疱疹，这是不科学的，当然我们不排除有一些患者经过治疗后复发次数明显减少，甚至由于机体自身免疫能力的恢复不再复发，但这只是个别现象。患者还应了解的是复发性生殖器疱疹的复发率随病程延长而逐渐降低，其复发最高的是感染后的头两年。
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