干扰素具有抗病毒和免疫调节两方面的作用，无论是单独使用，还是联合抗病毒药物一起使用，对治疗生殖器疱疹均有一定效果。下面主要对比干扰素不同给药方式对生殖器疱疹的治疗效果影响。
干扰素治疗生殖器疱疹既可以外涂，也可以于病灶处皮下注射；而外用又可以按剂型分为水溶性基质型和凝胶型两种。研究发现，干扰素在水溶液基质中对原发性生殖器疱疹的治疗效果要好于凝胶型制剂，这是因为水溶性制剂能更好的被局部皮肤黏膜吸收；而皮下注射干扰素和霜剂外用对治疗生殖器疱疹的效果，无论是在皮损愈合时间，还是在治疗后的复发次数上都没有明显差别。但是皮下注射干扰素会有一过性发热等副作用，而外用霜剂治疗没有，外用干扰素治疗时少数患者会感到轻度灼痛。
由此可见，外用干扰素治疗生殖器疱疹使用更方便，副作用也相对较小，而且还是无创性治疗措施，比皮下注射更容易被患者接受。但在选择外用剂型时宜选择水溶性基质型的干扰素制剂，这是因为水溶性霜剂的疗效好于凝胶剂。
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