免疫疗法是通过提高患者机体全身性和局部性免疫力，提高患者机体抗HPV感染的能力，从而降低尖锐湿疣的复发率，可分为全身性和局部性免疫疗法。
常用的治疗尖锐湿疣的免疫调节剂有：
(1)干扰素：是目前使用最多的，用药途径有外用、损害内注射、肌肉注射、皮下注射及静脉注射。主要的作用机制是：抑制干扰细胞增殖及减少病毒负荷，使宿主免疫系统防止潜伏感染复发;增加抑制性细胞因子等，抑制病毒基因。主要的副作用足流感样症状，如发热等，另外主要是影响血象和肝功，特别是升起白细胞、血小板减少，转氨酶升高，故应监测血常规及肝功。缺点是价格高、副作用明显、疗效不是十分确切。
(2)白介素：是生物细胞(包括角质形成细胞)受损伤后产生的一类介质，是抗体防御功能的一种表现。治疗尖锐湿疣主要选用白介素-2，是由活化的T生的糖蛋白，对减少复发有一定疗效。
(3)咪喹莫特：属于非核苷类异环胺类药，通过诱导机体产生细胞因子而发挥作用，无直接抗病毒作用，可增强机体对HPV感染的免疫反应，抑制HPV复制。
(4)卡介菌多糖核酸(斯奇康)：可通过调节机-体内的细胞免疫、体液免疫、刺激网状内皮系统，激活单核巨噬细胞功能，增强自然杀伤细胞功能来增强机体抗病能力。
其他的免疫调节剂还有转移因子、胸腺肽、聚肌胞、左旋咪唑等，均可根据临床情况选用。
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