本病目前尚无特效根治方法，治疗原则为缩短病程，减轻症状，防止继发感染和并发症，防止病情复发。中医强调辨证论治，扶正祛邪，既可提高机体抵抗力，又可直接灭活和清除病毒。中医辨证分为两型：
(1)肝经湿热证：症见生殖器部位出现红斑、群集小疱、糜烂或溃疡，甚至局部出现脓疱，灼热，轻痒或疼痛；伴口干口苦，小便黄，大便干结，或腹股沟淋巴结肿痛；舌红，苔黄腻，脉滑数。治疗应给予清热利湿，化浊解毒，方选龙胆泻肝汤加减，常用药物有板蓝根30克、大青叶30克、马齿苋30克、胆草10克、栀子10克、泽泻15克、柴胡10克等，水煎服，每日一剂。
(2)阴虚邪恋证：症见外生殖器反复出现潮红、水疱、糜烂、溃疡、灼痛，日久不愈，遇劳复发或加重；伴神疲乏力，腰膝酸软，心烦口干，五心烦热，失眠多梦；舌质红，苔少或薄腻，脉弦细数。治疗应滋阴降火，解毒除湿。方用知柏地黄丸加减，常用药物有：知母10克、黄柏10克、熟地10克、山药20克、山萸6克、茯苓15克、生黄芪10克、白花蛇舌草30克、柴胡10克、酸枣仁30克等，水煎服，每日一剂。
中药也可外用治疗生殖器疱疹，常选用马齿苋、野菊花、地榆、苦参各30克，水煎外洗，每日2～3次；洗后外涂青黛散。
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