再生障碍性贫血主要有三大症状，即贫血、出血和感染。这是由于再障时红细胞减少所引起的。绝大多数患者发病缓慢，病程也较长，称为慢性再障。我们一般说的再障即指慢性再障而言。
慢性再障患者几乎都是由贫血开始发病的。患者虽然血小板减少，但出血的症状很轻'一般表现为皮肤出血点或轻微的齿龈出血，比如刷牙时齿龈出血，女性患者可能有月经过多。虽然白细胞减少，但有严重感染者甚少，如有感染也大多为感冒。患者病程长，经过治疗后大约1/3患者治愈，1/3进步，1/3迁延不愈。极少数可能变成急性，死于出血或感染。
急性再障发病急骤，出血或发热感染。出血十分严重，不仅表现在皮肤、黏膜(如齿龈、口腔、鼻黏膜等)出血，还常有多处内脏出血，包括消化道(便血)、泌尿道(血尿)、子宫出血以及脑出血，出血量较多。
发热及感染严重时，体温常超过39℃，最常见的感染是呼吸道如肺炎和口腔黏膜感染，也有皮肤化脓，蜂窝织炎和败血症等。严重感染后常会加重出血，出血又容易继发感染，而出血和感染都可以加重贫血，致病情迅速恶化，预后凶险，死亡率高达65%-75%，大多数患者于半年内死亡，半数于3个月内死亡，少数经治疗可以转为慢性型再障。
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