典型的尖锐湿疣一般不需做实验室检查即可做出诊断。当患者症状不典型，部位不典型，特别是妇女，其阴道口有类似于尖锐湿疣的假性湿疣，需做实验室检查以明确诊断。常用的实验室检查有如下方法：
(1)细胞学检查：取阴道、子宫颈等部位的湿疣组织制成涂片，做帕氏染色。在涂片中可见到两种细胞，一种细胞的核周围有晕环，占据了细胞浆的大部分，而将细胞浆压缩到边缘呈浓缩状，此种细胞称为空泡状细胞，来源于浅层的鳞状上皮细胞;另一种细胞称为角化不良细胞，可单个或成堆分布，胞浆呈橙红色至淡黄色，核小而致密。在尖锐湿疣病的涂片中这两种细胞常可混合存在。
(2)组织病理变化：主要为角化不全、高度肥厚，乳头瘤样增生。粒层和棘层上部细胞有明显的空泡形成。棘细胞基底细胞有相当数量之核分裂，颇似癌变，但细胞排列规则，且增生上皮和真皮之间境界清楚。
(3)组织化学检查：取少量病损组织制成涂片，用特异性抗人乳头瘤病毒的抗体做染色。如果病损中有病毒抗原，则抗原抗体结合，在过氧化物酶抗过氧化物酶(PAP)方法中，空泡细胞核内可见到棕褐色颗粒状沉着为阳栂.此法特异性强且较迅速，对诊断有意义，但阳性率不高，一般在40%-60%之间。
(4)醋酸白试验：将3%-5%醋酸涂抹或敷贴在可疑的受损皮肤上而使有尖锐湿疣的疣体发白。醋酸白试验不但对诊断尖锐湿疣有意义，而且对指导治疗也有很大价值。
尖锐湿疣的实验室检查，目前还很不成熟，组织学检查和组织病理检查都有一定的误诊率，需在条件好的医院检查。
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