灰指甲应该与以下疾病进行鉴别：
(1)甲牛皮癣在牛皮癣中有10%-50%可出现甲病变。常多个指甲同时受累，指（趾）甲增厚、混浊、呈灰褐色。甲表面可有顶针样凹陷，横嵴或纵嵴，甲板自游离缘起逐渐向后与甲床分离，其甲板间隙中堆积较多角质性碎片，甲根部及周围常柯红斑鳞屑。甲病理可有甲角化不全等牛皮癣病理改变。若发现甲以外有牛皮癣的典型皮损右助于确定诊断，但也有在甲牛皮癣的基础上继发真菌感染者。
(2)甲扁平苔藓：约10%的扁平苔藓可累及甲，常表现为全甲毁损，多个甲受累。表现为近端甲皱凸出，取代甲凹陷点，有不规则纵沟、纵嵴。甲板变薄、下陷或甲胬肉样改变。全身可有扁平苔藓的典型皮损。甲病理助于诊断。
(3)湿疹所致甲病变：慢性湿疹累及指趾甲周可引起甲病变。出现变形，变色、增厚、粗糙、凹陷点、横嵴和沟，严重者指甲脱失。结合局部及全身湿疹样皮损，甲真菌检查阴性可资鉴别。
(4)斑秃的指甲病变：在斑秃中常见，单个或多个指趾甲受累。早期病变与脱发程度一致，有时甲病变己干毛发脱落，但与毛发再生无关。甲板有较多点状凹陷，此点状凹陷比牛皮癣者小，呈纵线或横线排列。弥漫性颜色改变，有黄色、灰色或褐色，甲板表面粗糙、失去光泽，甲板变薄，质碎以至全部脱落。也可在斑秃病甲中分离出真菌。
(5)先天性厚指甲症：为遗传性皮肤病，从小发病，有家族史。所有指趾甲进行性增厚，几年脱落1次，以后甲又不断增厚，严重影响甲的外观和功能。仔细查体可发现毛周角化症．皮肤干燥、毛发生长不良的外胚叶发育障碍的表现。
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