三叉神经痛基本可分为原发性和继发性，后者可由肿瘤、血管畸形或动脉瘤、蛛网膜炎、多发性硬化等引起。原发性三叉神经痛的原因、病变部位及发病机制都还不十分清楚，可能是多种多样的，因不同的病人而异，归纳起来有下列几种：
1.神经冲动短路在三叉神经根或行经中有异常的血管或小的脑膜瘤或狭窄的颅骨孔使三叉神经根或神经干受压，牵拉扭曲等，造成三叉神经节或感觉根发生脱鞘髓性改变，使轴突外露与邻近的无髓鞘纤维发生短路(使突触形成)，轻微的外界刺激即可通过“短路”传入中枢，中枢的传出冲动亦可再通过“短路”而转为传入冲动，因此很快叠加总和达到阈值以上而引起发作。
2.癫痫样发作有人认为是一种感觉性癫痫样发作，在三叉神经脊束核罗氏胶状质的中间神经元发生变性，丧失了对传人的疼痛刺激的调节作用，失去了对传人冲动的闸门作用，使传人冲动发生变性，丧失丁对传人的疼痛刺激的调节作用。
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