目前，对三叉神经痛的具体发病机制尚不明确，存在以下两种学说：
1.三叉神经根压迫学说
Jannetta首先认识到血管压迫三叉神经根是TGN的原因之一。
据报道TGN患者MRl及术中可见在靠近三叉神经进入脑桥部位的神经根局部被紊乱的动脉或静脉血管襻压迫。除去血管压迫可使大部分患者得到长期的疼痛缓解；血管减压术后感觉功能恢复。
2.原发性脱髓鞘病变
许多研究发现TGN患者最具特征性和代表性的改变发生于髓鞘和轴突，有学者报道三叉神经纤维脱髓鞘病变是TGN的主要病理改变和病因。他们观察TGN患者三叉神经节和神经根的切除标本，发现有严重脱髓鞘、髓鞘增殖和轴突扭曲等改变。Love等对伴随多发性硬化症的TGN患者及顽固性TGN患者行神经切断术治疗后的标本观察发现，脱髓鞘病变沿着三叉神经根的近心端延伸，甚至到达脑桥连接处。这种现象与血管性压迫有些不同的是，在伴有多发性硬化症患者的脱髓鞘区域星形胶质细胞的突起数量多、分布范围广。
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