生殖器疱疹的疱疹除了好发于女性的生殖器部位之外，乳房、乳头及乳晕也可发生疱疹。感染后还可引起唇部疱疹、口腔及呼吸道黏膜溃疡。在部分同性恋者的肛周也有疱疹的发生。
原发感染多为隐性，大多无临床症状或呈亚临床表现，仅有少数可以出现临床症状。潜伏期为2～7天，外阴部会出现一个或多个小而瘙痒的红丘疹，迅速变成小疱，多群集分布，几天后，小疱破溃变成浅表溃疡，结痂，局部黏膜红肿，有疼痛感。
女性常见于大阴唇、小阴唇、阴蒂、阴道、宫颈、大腿或臀部等处。女性子宫颈常被累及，可引起宫颈炎，阴道水样分泌物增多，有下腹痛，妇科检查可见宫颈外观正常或潮红，或伴有多个散在小溃疡。应注意有无宫颈癌发生。若累及尿道、膀胱时，则出现尿频、尿急、尿痛以致排尿困难、急性尿潴留。发病时及发病前可有全身症状，包括发热、全身不适、头痛、腹股沟和盆腔疼痛，淋巴结肿大等。
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