癫痫的外科治疗也不能百分之百的控制癫痫发作，有时也可导致手术失败，需要二次手术治疗。导致癫痫手术失败的原因很多，如：
(1)颅内病变有时为致痫灶的一部分或紧邻致痫灶，由于生理和解剖的限制，致使病变周围致痫灶切除不彻底，此种情况约占颅内病变所致癫痫病人术后需再次手术的23%。
(2)致痫灶范围广或致痫灶范围难以确定，手术难以彻底切除。
(3)继发性癫痫灶处理不当，致使术后癫痫继续发作，此种情况约占所有再次手术患者的20%～62%。
(4)颞叶癫痫的双重病理改变处理不当，颞叶内侧结构切除范围不够，残存杏仁核过大，只切除一侧病变等，均可导致癫痫发作。
(5)手术创伤、电生理定位错误、临床表现定位错误、手术方式选择错误、术后抗癫痫药物应用不当等也可导致癫痫术后发作。
(6)癫痫诱因作用，癫痫术后患者发生头外伤、过度饮酒、脑炎、高热、相关药物作用、惊吓、过度劳累、遗传易感因素等，均可导致癫痫术后发作。
(7)手术方式认识错误，手术本身就有失败的可能性，如胼胝体切开术癫痫控制改善只有20%～90%不等；迷走神经刺激术治疗癫痫总有效率为50%～70%。
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