生殖器疱疹的治疗要视具体情况而定，治疗目的主要是：减轻症状，促进皮损愈合；缩短排毒时间，降低传染性；防止产生并发症；预防或减少复发。
无症状患者不需要药物治疗。有症状患者的治疗包括全身治疗和局部治疗两个方面。全身治疗主要是指系统性地进行抗病毒治疗和治疗合并感染；局部治疗包括清洁创面和外用抗感染或抗真菌药物防止继发感染，但是局部治疗的疗效远逊于全身治疗。
具体的全身治疗方案如下。
①原发性生殖器疱疹：口服阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦，每天2～5次，疗程7～10天；对于有疱疹性直肠炎及口炎、咽炎表现者，可适当增大药物剂量或延长疗程至10～14天。原发感染症状严重或皮损广泛者，包括播散性单纯疱疹病毒感染，或并发疱疹性肺炎、肝炎和脑膜炎者，给予阿昔洛韦静脉滴注，每8小时一次，连续5～7天或直至临床症状消退。
②复发性生殖器疱疹：最好在出现前驱症状或皮损出现24小时内开始治疗。对于频繁复发者(1年复发频率≥6次)，可采用长期抑制疗法。
③新生儿疱疹：使用阿昔洛韦静脉滴注，每8小时一次；播散性感染及中枢神经系统感染者，疗程10～21天；感染局限于皮肤黏膜者，疗程14天。
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