系统性红斑狼疮临床表现复杂多样，早期仅侵犯1～2个器官时，表现不典型。侵犯多个器官则使临床表现复杂。大多数患者呈缓解与发作交替过程。
(一)全身症状
活动期患者大多数有全身症状。约90%患者有发热，尤以长期低、中等度热常见。此外，疲倦、乏力、体重减轻等亦常见。
(二)骨关节和肌肉
有约85%患者有关节痛，最常见于指、腕、膝等关节，多为不对称的多关节痛，呈间歇性伴红肿者较少。
关节X线片大多正常。约40％可有肌痛，5%可有肌炎。
(三)皮肤与黏膜
约80％在病程中有皮肤损害约40%的患者面部有蝶形红斑，偶为盘状红斑；约60%患者有局限性或广泛斑丘疹，有痛痒感，多见于日晒部位，有时出现水疱、大疱和血疱等，大疱破后可形成糜烂和溃疡。有约40%患者有光过敏现象。有时可见淤点、淤斑。少数患者可有口腔黏膜点状出血、糜烂或溃疡、雷诺现象、脱发等。
(四)肾
约75%的患者有临床表现，以慢性肾炎和肾病综合征者较常见。早期多表现为尿异常，随病程进展，患者可出现大量蛋白尿、血尿、管型尿、水肿和高血压等，晚期发生尿毒症，是SLE死亡的常见原因。
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