再生障碍性贫血患者表达增高的细胞因子包括干扰素-γ（IFN-γ）、白细胞介素-2（IL-2）、肿瘤坏死因子α（TNF-α）。
再生障碍性贫血患者血液和骨髓液的IFN-γ和TNF-α增加，淋巴细胞细胞质的IFN-γ和TNF-阿尔法表达率也高于正常对照，说明其在再生障碍性贫血发病中有重要作用。这些细胞因子主要由淋巴细胞分泌，骨髓基质细胞也产生少量IFN-γ。来自骨髓基质细胞的负调控细胞因子量相对少，但由于再生障碍性贫血患者干祖细胞的黏附分子CD49d和CD49e表达上调，使其与基质细胞黏附作用增强，加之作用距离近，也可能产生显著的造血抑制。从再生障碍性贫血患者CD4+和CD8+细胞各基因表达变化来看，这两类细胞可能都通过近距离地接触靶细胞或通过细胞毒性分泌负调控因子近距离作用而使损伤具有组织特异性。
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