影响癫痫预后及复发还有一个的重要因素，即病因。有明确病因的迟发症状性发作比未发现病因的发作更容易复发。但部分学者认为，病因学对预后的意义有限，病因明确或不明确与预后之间无明显关系。
（1）脑外伤引发的癫痫中，较轻的头部外伤后数分钟内只出现一次癫痫发作，以后不再发作的癫痫预后最佳。外伤后只发作几次的病人，预后良好。严重的脑外伤（颅内出血，脑挫伤，硬膜撕裂，记忆或意识丧失超过24小时）的症状性癫痫预后不佳。由火器穿通伤引起的癫痫是复发危险性最高的外伤后癫痫。
（2）脑炎的急性期常伴有不同程度的癫痫发作，部分脑炎病人痊愈后也可出现癫痫发作。一般病人服用抗癫痫药物均可控制发作，预后比较好。但严重脑炎后遗症伴有频繁癫痫发作者预后不理想。
（3）良性脑肿瘤如脑膜瘤诱发的癫痫，如能将原发灶切除，预后良好；而潜在恶性的肿瘤如神经胶质细胞瘤由于肿瘤本身复发率高，癫痫发作也不易控制。
另一方面，即使肿瘤被根除，但由于手术遗留的瘢痕仍可成为致灶。
（4）脑血管病引起的癫痫的预后问题，长期随访报道较少。一般认为，晚期发作者抗癫痫治疗较易于控制，约60%的患者可完全缓解，且复发率也低。而卒中急性期并发癫痫对于患者的生命健康是不利的，特别是频繁的全身性强直-阵挛性发作，可因加重脑缺氧、缺血、脑水肿而使原发病恶化，甚至死亡率增高，如脑梗死急性期出现癫痫可致死亡率增加至30%。
（5）50%～70%的脑囊虫病人有癫痫发作，其预后关键在于抗囊虫治疗。
（6）由于分娩时或出生后因素致病者，即伴有器质性脑损伤，如脑出血、先天性脑发育不全、大脑瘫及精神缺陷等，其预后不良。某些先天性疾病，如结节性硬化症、脑面血管瘤病、神经纤维瘤病等，预后也差。
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