黑牙根的治疗需根据成因选择洗牙、补牙、根管治疗、牙周手术或拔牙等方式，常见原因包括色素沉着、龋齿、牙髓坏死、牙结石堆积及重金属沉积。
针对外源性色素沉着引起的黑牙根，通常由长期吸烟、饮茶或食用深色食物导致。此类情况未损伤牙体硬组织，主要通过超声波洁治或喷砂抛光去除表面污渍。日常需注意减少深色饮食摄入，饭后及时漱口，保持口腔卫生，避免色素再次附着，无需进行侵入性治疗即可恢复牙齿本色。
若黑牙根是由龋齿引起，细菌侵蚀牙本质导致腐质变黑，常伴有冷热酸甜敏感症状。治疗需彻底清除腐烂的牙体组织，使用复合树脂或玻璃离子等材料进行充填修复。家长需监督儿童刷牙质量，定期涂氟，防止龋洞进一步扩大伤及牙神经，早期干预可保留活髓。
当龋齿发展为牙髓炎或根尖周炎，牙神经坏死会导致牙根内部出血分解，使牙冠或牙根呈现灰黑色，可能伴随咬合痛或牙龈脓肿。此时必须进行根管治疗，摘除坏死牙髓，消毒根管并严密填充。该过程需在专业医生操作下完成，治疗后建议佩戴牙冠保护脆弱牙体。
牙结石长期堆积压迫牙龈，导致牙龈萎缩、牙根暴露并呈现黑色，常伴有牙龈出血和口臭，多见于慢性牙周炎患者。治疗需进行深层牙周刮治和根面平整，去除龈下结石及菌斑。严重者可能需配合牙周翻瓣手术，术后需严格维护口腔清洁，定期复查以防复发。
对于牙根纵裂、重度松动无法保留或根尖病变破坏骨质过多的黑牙根，强行保留可能导致感染扩散。此时需评估后予以拔除，待创口愈合后可考虑种植牙或镶牙修复。拔牙属于有创操作，务必在无菌环境下由经验丰富的医师执行，术后遵医嘱护理伤口。
预防黑牙根关键在于日常口腔维护，建议每天早晚使用巴氏刷牙法清洁牙齿，配合牙线清理牙缝，减少烟草及深色饮料摄入。每半年至一年进行一次专业口腔检查与洁治，及时发现并处理早期龋齿或牙周问题。若发现牙根颜色异常改变或伴有疼痛不适，应尽快前往正规医疗机构就诊，切勿自行用药或尝试偏方，以免延误病情导致牙齿丧失。
