尖锐湿疣的病程不定，常持续多年，经久不愈，也有极少数较小的疣体可能在数月内自行消退，但仍会复发。尖锐湿疣复发的原因与下列因素有关。
（1）激光、电灼、冷冻、手术及局部点涂药物等治疗方法只能去除临床肉眼所见的疣体，而肉眼能见的疣体仅是所有HPV感染中的一小部分，因此不能去除亚临床感染及治疗后残留的病毒，所以复发率高。
（2）尖锐湿疣患者的性伴侣没有得到有效的检查或治疗，另一方仍是亚临床感染或病毒携带者，导致再次感染。
（3）部分患者除尖锐湿疣外，还有其他引起细胞免疫功能异常的性病或其他系统性疾病，如肾移植术后长期口服免疫抑制剂的病人、艾滋病病人尖锐湿疣的复发率较高。
（4）雌激素水平较高的病人易复发。妊娠期感染HPV后生长速度快且疣体大，与雌激素受体在妊娠期的组织中的数目高于非妊娠期相关。
（5）少数患者生活习惯不良，在治疗的同时，往往生活不规律、熬夜酗酒、不注意锻炼身体等，影响自身的免疫功能，增加尖锐湿疣复发的可触性。
（6）缺乏有效的抗HPV药物。
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