有很多小儿脑损伤和脑功能异常性疾病的表现容易和小儿脑瘫相混淆，需要进行仔细的区别。
（1）智力低下：本病在婴幼儿时期主要表现为大动作、精细动作、语言和应人能力的全面落后；在早期以运动能力落后为主要表现时容易与小儿脑瘫相混淆。
（2）先天愚型（21-三体综合征，又称Down综合征）：本病是最常见的常染色体疾病，根据其特殊面容及异常体征一般诊断不难，但在新生儿时期有些病例症状不明显，仅仅表现为活动减少、面部无表情、对周围无兴趣、肌张力明显低下、肌力减弱，有时可被误认为是小儿脑瘫（肌张力低下型）。确诊本病需要进行染色体核型分析。
（3）先天性韧带松弛症：本病主要表现为大运动发育落后，尤其是独自行走延缓、走不稳、易摔倒、上下楼费力，有时被误认为是脑瘫。但本病主要表现为关节活动范围明显增大，可过度伸展、屈曲、内旋或外旋，肌力正常，腱反射正常，无病理反射，不伴有智力低下或惊厥，有时有家族史，随年龄增大症状逐渐好转。
（4）孤独症：部分孤独症患儿早期表现为大动作发育迟缓，有时行走时使用脚尖着地，有时被误认为是脑瘫痉挛型，但体检可发现跟腱不挛缩、足背屈无障碍、腱反射不亢进、无病理反射，同时有应人能力的障碍，这些都可与小儿脑瘫相区别。
（5）异染性脑白质营养不良：本病又称为硫酸脑昔酯沉积病。患儿出生时表现为明显的肌张力低下，随病情的发展逐渐出现四肢痉挛、肌张力增高、惊厥、共济失调、智力进行性减退等症状，这些都需要与小儿脑瘫相区别。
（6）婴儿进行性脊髓性肌萎缩症：本病常在婴儿期起病，表现为进行性加重的肌无力、肌萎缩明显、腱反射减退或消失，需要与肌张力低下型小儿脑瘫相区别。
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