不管用哪种方法治疗，尖锐湿疣在临床治愈后总有一部分病例会复发，那么，如何预防复发，如何降低复发率呢？
首先是治疗要彻底，不仅要治疗用眼睛看得到的疣赘状新生物，还要治疗用眼睛所不易看到的亚临床感染的损害。如前面所介绍的，在治疗前，先以3％～5％的醋酸溶液涂于或敷于外阴部，这样不仅尖锐湿疣的损害看得更清楚，而且亚临床感染的部位也可以清楚的显现出来。
局部治疗不仅要治疗疣，同时还要包括亚临床感染的区域，这对减少复发是重要的。此外，对复发病例可以采用咪喹莫特凝胶治疗，并在疣体清除后继续外用一段时间。
其次是尖锐湿疣治愈后，仍应定期去医院复查，一旦出现复发应及时治疗，经过3个月随访无复发者方可认为是治愈了。
最后是在治疗期间应避免性生活。
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