生殖器疱疹的确诊是根据生殖器疱症的症状以及不洁性交史，然后经实验室检查单纯性疱疹Ⅱ病毒阳性者，即可确诊。
生殖器疱疹的潜伏期为4～7天，也就是说在感染后4～7天内发病。发疹前后有发热、头痛和全身不适，在骶椎部位出现感觉异常。原发感染消退后，病毒潜居体内，当身体出现疾病，或抵抗力下降时，它们就会引起发病，如劳累、感染、发热、情绪激动、月经或创伤，均能使处于休眠状态的病毒激活而再度发病。
生殖器疱疹的生殖器官症状为发病初期生殖器有不同程度的烧灼感，继而出现红斑或丘疹，紧接着发生簇集形小水疱，由清澈逐渐变混浊或脓样，破溃后形成浅表性溃疡，分泌物较多。可有烧灼、疼痛、刺麻感，但多不化脓。若累及尿道口可出现排尿困难等症。女性可发于外阴、大小阴唇、阴蒂、阴阜、宫颈、阴道;男性好发于阴茎体、龟头、冠状沟、包皮等处。同性恋者尚可在肛门和直肠发病。重者可伴发全身不适，如发热、头痛、乏力或双侧腹股沟淋巴结肿大等。
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