甲亢治疗选择药物的原则如下：
(1)丙基硫氧嘧啶和他巴唑的疗效及毒性反应相似，一般开始治疗时可任意选择其中一种，而甲基硫氧嘧啶毒性反应较多见，最好不选用。
(2)用一种药物治疗后未出现毒性反应，则不应因突眼或甲状腺肿大改善不明显而随意改用另一种药，改药可能发生毒性反应。
(3)用一种药物治疗后发生毒性反应，改用另一种药物可能无毒性反应。一般来说，丙基硫氧嘧啶损害肝功能的毒性反应较他巴唑稍多，他巴唑引起皮疹较丙基硫氧嘧啶稍多。
(4)丙基硫氧嘧啶可阻滞T4转变为T3，故重症甲亢或甲亢危象宜首选丙基硫氧嘧啶;丙基硫氧嘧啶通过胎盘的能力相对较他巴唑小，故在妊娠合并甲亢时也应作为首选。
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