尖锐湿疣容易与生殖器癌、扁平湿疣、假性湿疣、生殖器疱疹样丘疹病及珍珠样丘疹病混淆。一旦误诊对患者造成很大精神压力，所以应加以鉴别。
1.生殖器部位癌：多见于40岁以上或老年人，皮损边界不清，有明显的浸润，常形成溃疡，做病理组织学检查可以鉴别。
2.扁平湿疣：为梅毒二期皮疹。为多个湿丘疹融合成片状的皮损，多见于肛周，皮损处可查到梅毒螺旋体，梅毒血清试验呈阳性反应。
3.假性湿疣：又称女性绒毛状小阴唇。
本病特征是在女性小阴唇的内侧为1～2毫米大小呈多发性、聚集性、颗粒状，淡红色的丘疹，如针鼻儿大小，融合成片，左右对称分布;另一种表现如同绒毛状凸起，外观犹如机织的地毯绒毛。本病一般无自觉症状。多见于青年妇女，未婚和已婚均可发生，发病年龄主要在18～40岁之间。常出现白带多，但呈蛋清样，偶有痒感。其病因尚且不清，有人提出与霉菌的感染有关;也有人认为与外阴长期慢性的非特异性刺激或摩擦，导致腺体增生有关。其临床表现显然与尖锐湿疣的早期症状有明显区别，但是，近年来被误诊为尖锐湿疣者并不少见。假性湿疣做醋酸白试验呈阴性，病理学检查也可以除外尖锐湿疣
4.生殖器疱疹样丘疹病：表现为生殖器部位多发性棕红色小丘疹，直径2～10毫米。
外观很像尖锐湿疣，但组织学检查可以鉴别。
5.珍珠样丘疹病：发生于男性的龟头，沿龟头冠状沟有排列整齐的大小一致的珍珠样丘疹，如针头及粟粒大小，皮色如淡粉或红色丘疹。本病病因不明，常见于青年男性。组织病理学检查可以排除尖锐湿疣
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