尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起，主要通过性传播，生殖器及肛门周围皮肤为主要发病部位，由于其临床表现各异，易与发生在这些部位的一些疾病相混淆，常见的易与尖锐湿疣相混淆的疾病主要有以下几类。
1.外阴、肛内、阴茎肿瘤
如外阴、肛内、阴茎上皮内瘤形成等肛周生殖器癌前病变和(及)外阴癌、直肠癌、阴茎癌等侵袭性损害可与肛门生殖器疣同时存在。高危型人乳头瘤病毒所致尖锐湿疣亦有发展成肿瘤的可能性，故二者往往容易混淆或误诊。
2.鲍恩样丘疹病
鲍恩样丘疹病是肛门生殖器上皮内瘤病谱的一部分，由高危型人乳头瘤病毒亚型感染所致，也易误诊为尖锐湿疣，组织病理检查可资鉴别。
3.肛周皮肤恶性肿瘤
肛周生殖器部位的皮损如果有出血、不规则的色素沉着、溃疡、明显的皮肤浸润，则应高度怀疑不良病变的可能性，应行组织病理检查。
4.疣状癌
HPV6/11感染引起巨大尖锐湿疣，是疣状癌的一种形式，有向皮肤深部浸润性生长的特点。需要外科治疗及放化疗等，此病的放疗和化疗效果好。
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