尖锐湿疣应该与阴茎珍珠样丘疹病相互鉴别，具体鉴别方法如下：
病因不同
尖锐湿疣是通过性接触而感染的，是性病中的一种；珍珠状阴茎丘疹病是一种良性皮肤发育不全的状态，正常人群中有10%的人患有此病，没有过性接触的男性中，本病的患病率也很高。
表现不同
尖锐湿疣是在男女的外生殖器处散在的，呈菜花状皮肤疣状物，分布无规律性，可有瘙痒感，有异味，有自身传染性，未经治疗可继续发展，疣体逐渐增大；男性珍珠状阴茎丘疹病是在沿冠状沟处分布的小米粒大小的丘疹，可无任何不适感，不需治疗，无传染性。
治疗目的不同
尖锐湿疣是性传播疾病，传染性强，必须治疗；男性珍珠状阴茎丘疹病可无任何不适感，不需治疗。临床上容易将男性珍珠状阴茎丘疹病误诊为尖锐湿疣，因此，医生一定要诊断清楚。患者要积极配合，认真回答医生的问诊，要做到既要排除性病的可能，同时也不要漏诊尖锐湿疣。
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