中医作为中国的传统医学，采用中药治疗尖锐湿疣的方法在以往较普遍。但是，由于中药治疗尖锐湿疣见效慢、疗效低、安全性差、不易治愈等特点，导致采用中药治疗尖锐湿疣的患者不多。不过仍旧有一些重要对尖锐湿疣的治疗有不错的效果。
1、中药内服法：主要采用清热解毒的中成药或草药，如黄柏、土茯苓、丹皮、马齿苋、通草、败酱草、紫草、木贼草、泽泻、柴胡、龙胆草、夏枯草、板蓝根、野菊花、穿山甲、川黄连、当归、白芍、黄芪等精制配方而成，通过解毒消疣、提高机体抗病毒免疫力，来达到一定程度地缓解和改善尖锐湿疣症状的效果。
2、中药外洗法：也是通过清热解毒、提高抗病毒能力，达到抑制或消除疣体组织的作用。通常采用的中药外洗法包括有：木贼草膏外敷、复方粉霜外涂，以及采用明矾、白鲜皮、黄芩、板蓝根、蛇床子等煎熬的坐浴法，和取马齿苋、枯矾、朴硝煎水进行的熏洗法等。
对轻度的尖锐湿疣患者而言，采用中医治疗可起到有效缓解或改善的作用，但是不能达到临床治愈的效果，而且采用中药治疗时间长、疗效慢、效果不明显、安全性低、治疗不方便、易产生耐药性，临床专家通常不主张采用。
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