肛瘘的病因其实是比较复杂的，并且也往往不容易被患者所理解，所以，建议是，在肛瘘的预防上，以及治疗上，重点参考饮食，感染两个方面的因素，尤其是在出现肛门损伤的情况下，卫生更需要重视，下面就肛瘘的病因进行介绍：
1、肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合;
2、内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管;
3、管道多在不同高度穿过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。
4、肛门部不能静养，脓腔不易粘合，排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态;
5、脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔内，导致脓肿再发并穿破而形成新的支管或瘘道;除此之外，结核克隆重氏病、溃疡性结肠炎等都是形成肛瘘的原因。
肛瘘是临床上非常常见的肛肠疾病之一，在目前来说，虽没有痔疮，以及肛裂高发，但这种疾病与肛裂相同，发病群体并不是单一，虽说主要是以中青年为高发群体，但实际上，小儿肛瘘的发病率也是不可忽视的。
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