导致肛瘘反复复发最重要的因素之一就是治疗的不规范，以及患者的不够重视，当然，也不能忽视其他方面的因素，比如患者的年龄问题等，下面，就导致肛瘘反复复发的主要因素进行总结，以便起到预防肛瘘反复复发的作用：
1、肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合;
2、内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管;
3、管道多在不同高度穿过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。
4、肛门部不能静养，脓腔不易粘合，排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态;
5、脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔内，导致脓肿再发并穿破而形成新的支管或瘘道;除此之外，结核克隆重氏病、溃疡性结肠炎等都是形成肛瘘的原因。
肛瘘是肛肠疾病中，除去痔疮之外，最为常见的一种肛肠疾病，并且，其发病的年龄没有限制，可以发病于老年，同样也可以发病于婴儿等，尤其是3个月左右的婴儿最为常见，这是需要家长注意的一个方面。
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